Circa 10% aller Hunde und Katzen, die über einen längeren Zeitraum hinweg Flöhe gehabt haben, entwickeln eine Allergie gegen den Speichel der Flöhe. Man kann an der Haut und am Fell feststellen, dass etwas nicht stimmt. Das Tier kann einen roten Ausschlag haben oder es fehlt ihm an einzelnen Stellen Fell. In anderen Fällen kann das Tier eine erhöhte Schuppenproduktion haben. Der Juckreiz ist intensiv und plagt die Tiere. Die Symptome selbst sind unspezifisch und es muss von einem Tierarzt untersucht werden, ob es sich um eine Flohallergie handelt (oder um andere Formen von Allergien, Hautirriationen oder Krankheiten). Dies kann u.a. geschehen, indem man ein Stück Haut rasiert, ein wenig Flohextrakt einträufelt und ein wenig später die Reaktion der Haut abliest.
Wenn der Grund für die Hautsymptome eine Flohallergie ist, muss man die Flöhe bekämpfen. Fälle, die einer Flohallergie ähneln, können auftreten, wenn der Tierbesitzer – um die Flöhe zu entfernen – das Fell des Tieres mit übertriebenen Mengen an Bekämpfungsmitteln behandelt hat.